Die Inquisition (lat. inquisitio = Untersuchung) entwickelte sich im Hochmittelalter. Wichtige Grundlagen des inquisitorischen Verfahrens entstanden um 1200 unter Papst Innozenz III.; im 13. Jahrhundert wurde die päpstliche Inquisition insbesondere unter Gregor IX. institutionalisiert. Sie diente vor allem der Verfolgung von Häresie innerhalb der christlichen Bevölkerung. Je nach Zeit und Region beschäftigten sich Inquisitionsgerichte auch mit Blasphemie, Magie und anderen religiösen Vergehen. Die großen Hexenverfolgungen der Frühen Neuzeit sind jedoch nicht mit der Inquisition gleichzusetzen; zahlreiche Hexenprozesse fanden vor weltlichen Gerichten statt.

In der Frühen Neuzeit entstanden dauerhaftere Inquisitionsbehörden, insbesondere in Spanien, Portugal und Italien. Die Spanische Inquisition wurde 1478 unter Ferdinand von Aragón und Isabella von Kastilien mit päpstlicher Genehmigung gegründet. Zunächst richtete sie sich besonders gegen zum Christentum konvertierte Juden (Conversos), denen die heimliche Ausübung des Judentums vorgeworfen wurde. Später gerieten unter anderem auch zum Christentum konvertierte Muslime (Moriscos) in ihren Blick.

Die Inquisitionsverfahren konnten Gefängnis-, Vermögens- und andere Strafen sowie in schweren Fällen die Todesstrafe zur Folge haben; auch Folter konnte eingesetzt werden. Die früher verbreitete Vorstellung von Hunderttausenden Hinrichtungen durch die Spanische Inquisition entspricht jedoch nicht dem heutigen Forschungsstand. Moderne Schätzungen gehen von einigen Tausend tatsächlich Hingerichteten während ihrer jahrhundertelangen Existenz aus, wobei die genaue Zahl wegen der Quellenlage umstritten ist. Die Zahl der Angeklagten ist höher als die der Hingerichteten. Je nach Rekonstruktion aus Tribunalakten und späteren Statistiken nimmt man für die Spanische Inquisition etwa 120.000 bis 200.000 Verfahren an.

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